Banca de QUALIFICAÇÃO: CLEVERSON HEBBEL

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de MESTRADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : CLEVERSON HEBBEL
DATA : 01/12/2023
HORA: 10:40
LOCAL: Web Conferência - Google Meet: meet.google.com/cym-bqcs-vot.
TÍTULO:

REGIÕES GENÔMICAS POTENCIALMENTE ASSOCIADAS AO ANESTRO EM LEITOAS.

PALAVRAS-CHAVES:

falhas reprodutivas; marcadores genéticos; suínos.

PÁGINAS: 45
RESUMO:

Em nível populacional, a frequência de casos de anestro em leitoas é variável e uma das principais limitações envolvendo esse tema é a determinação de sua causa. O objetivo do trabalho foi utilizar estudos de associação genômica (GWAS) para identificar possíveis marcadores associados ao anestro em leitoas. Para análise de GWAS foram coletadas amostras de tecido de orelha de 300 leitoas com aproximadamente 230 dias de idade, em delineamento caso-controle (1:1), sendo 150 em anestro e 150 cíclicas, provenientes de uma agroindústria de Santa Catarina. A confirmação do anestro ocorreu ao abate observando a ausência de corpos lúteos. A genotipagem foi realizada com o painel PorcineSNP50 BeadChip (Neogen). O controle de qualidade (QC) das amostras e polimorfismos de base única (SNPs) foi realizado com o programa PLINK 1.9 (Purcell et al., 2007), removendo animais com call rate <0,9, heterozigosidade >3,0 desvios padrão e SNPs com frequência do alelo menor (MAF) <2%, call rate <0,98 e os que falharam no teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) <1x10-6. O GWAS foi realizado com o PLINK utilizando a opção –logistic com os componentes principais do MDS plot como covariáveis. Além disso, foi realizada a análise de GWAS com o software GEMMA (Genome-wide Efficient Mixed Model Association), que usa uma abordagem de modelos mistos, com os mesmos arquivos pós-QC utilizados na análise com o software PLINK. Para ambas as análises, os limiares de significância significativos seguiram os critérios de Bonferroni, sendo que para o PLINK foi utilizado o número de SNP independentes e para o GEMMA o número de SNPs total. As análises funcionais foram realizadas no VEP do Ensembl (versão 109) e PigQTLdb (versão 50) considerando uma janela de 0,5 Mb da distância dos SNPs identificados.

MEMBROS DA BANCA:
Interno - 2613308 - DELANO DIAS SCHLEDER
Interna - 1046884 - ELIZABETH SCHWEGLER
Presidente - 2648941 - IVAN BIANCHI
Interno - 1810731 - JULIANO SANTOS GUERETZ
Interno - 1755182 - MARIO LETTIERI TEIXEIRA
Interna - 2408296 - SORAYA REGINA SACCO