Determinação do tempo de viabilidade material genômico ambiental (eDNA) para detecção via PCR de fauna acompanhante em tanques de cultivo e quantificação de camarões marinhos em água clara.
aquicultura, primer, metabarcoding.
Um dos desafios do setor da aquicultura é buscar metodologias mais precisas para identificação e quantificação dos animais nos tanques de criação ao longo do ciclo produtivo, pois a maior precisão destas estimativas é vital para realização de uma criação mais produtiva e sustentável. Para que esta técnica possa auxiliar os produtores de organismos aquáticos e seja viável em escala comercial é necessária a avaliação da especificidade dos primers, para que se maximize a eficácia e minimize os riscos de falsos diagnósticos, e a determinação do tempo de viabilidade do material genômico ambiental na água. Foi avaliada a sensibilidade de primers comerciais e o tempo de viabilidade de DNA ambiental de peixes em ambiente lêntico (tanques de cultivo) e a quantificação de camarões em tanques de água clara. As amostras de água foram concentradas e o DNA foi extraído pelo kit PureLink™. As bibliotecas foram quantificadas por qPCR e sequenciadas no sequenciador Miseq (Illumina). Os resultados foram confrontados com o banco de dados de genoma mitocondrial. No experimento com tilápia foi identificadas sequências de DNA que correspondiam à espécie Oreochromis niloticus. No experimento com camarão não foi possível identificar sequências de DNA nas amostras coletadas. A amplificação por PCR positiva do DNA ambiental presente nas amostras de água confirmou a eficiência do primer e desta metodologia altamente reprodutível, rápida e tecnicamente fácil.